При расчете пропорции "входного" НДС учреждение должно учитывать субсидию на выполнение госзадания

Помимо операций, облагаемых НДС и освобождаемых от обложения этим налогом, учреждение выполняло работы, оказывало услуги в рамках госзадания, источником финансового обеспечения которого являлась субсидия из регионального бюджета. Такие операции согласно НК РФ не признаются объектом обложения НДС.

Учреждение приобретало товары, работы, услуги, которые использовались как в облагаемой, так и в не облагаемой НДС деятельности, в частности для выполнения работ, оказания услуг в рамках госзадания. Пропорциональное распределение сумм "входного" НДС было закреплено в учетной политике учреждения. Однако доведенные средства субсидий на выполнение госзадания не принимались при расчете пропорции. Суды признали, что установление такого порядка ведения раздельного учета не соответствует НК РФ.

Отметим, что Минфин не раз рассматривал вопрос о применении правила о раздельном учете НДС. В одном из разъяснений ведомство, ссылаясь на позицию ВАС РФ 2011 года, указало: это правило касается случаев, когда налогоплательщик осуществляет одновременно как облагаемые, так и не облагаемые НДС операции по любым основаниям, предусмотренным главой 21 НК РФ.

Подход ВАС РФ разделяют КС РФ и ФНС.

Принимая во внимание изложенное, учреждение при осуществлении операций, как облагаемых, так и не облагаемых НДС, для определения размера НДС, который можно принять к вычету, должно вести раздельный учет. Рассчитывая пропорцию в общей стоимости отгруженных товаров, выполненных работ, оказанных услуг, переданных имущественных прав, нужно учитывать субсидию, поступившую учреждению на выполнение госзадания.