1.3.3. Ограничения по количеству проверок

1.3.3. Ограничения по количеству проверок.

Налоговые органы не вправе проводить в отношении одного налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение календарного года, за исключением случаев принятия решения руководителем ФНС России о необходимости проведения выездной налоговой проверки налогоплательщика сверх указанного ограничения (пункт 5 статьи 89 Кодекса).

Учитывая вышеуказанное ограничение, налоговым органам необходимо ориентироваться на проведение выездных налоговых проверок по всем налогам и сборам (комплексные выездные налоговые проверки). При этом проведение выездных налоговых проверок по отдельным налогам (тематических выездных налоговых проверок) рекомендуется осуществлять в исключительных случаях.

Для проведения более двух выездных налоговых проверок в течение календарного года в отношении каждой выездной налоговой проверки сверх указанного ограничения налоговым органом в вышестоящий налоговый орган направляется мотивированный запрос о проведении выездной налоговой проверки. В случае если таким налоговым органом является управление ФНС России по субъекту Российской Федерации, то оно направляет указанный запрос вместе со своим мотивированным заключением о целесообразности проведения выездной налоговой проверки непосредственно в ФНС России. В случае, если, по мнению управления ФНС России по субъекту Российской Федерации, целесообразность проведения выездной налоговой проверки отсутствует, запрос не направляется. О принятом решении сообщается налоговому органу, направившему запрос.

ФНС России рассматривает запрос и сообщает о своем решении. В случае положительного решения назначение выездной налоговой проверки осуществляется соответствующим налоговым органом в установленном порядке.

При определении количества выездных налоговых проверок налогоплательщика не учитывается количество проведенных самостоятельных выездных налоговых проверок его филиалов и представительств.

Ограничения по периодам и количеству проверок согласно пункту 16.1 статьи 89 Кодекса не действуют, если решение о проведении выездной налоговой проверки резидента, исключенного из единого реестра резидентов Особой экономической зоны в Калининградской области, вынесено не позднее чем в течение трех месяцев с момента уплаты сумм налогов, предусмотренных:

пунктом 10 статьи 288.1 Кодекса в части правильности исчисления и полноты уплаты суммы налога на прибыль организаций в отношении прибыли, полученной от реализации инвестиционного проекта;

пунктом 7 статьи 385.1 Кодекса в части правильности исчисления и полноты уплаты суммы налога на имущество организаций в отношении имущества, созданного или приобретенного при реализации инвестиционного проекта.