Методика проведения полногеномного секвенирования штаммов-возбудителей ботулизма

3.100. Проведение полногеномного секвенирования штаммов-возбудителей ботулизма C. botulinum используют как инструмент для установления эпидемически значимых генетических линий или клонов бактериальных патогенов, циркулирующих в том или ином регионе. Его применяют также для установления источника возбудителя вспышки пищевой инфекции путем сравнения идентичности генотипа/генома штаммов патогена, выделенных от больных и непосредственно из продуктов питания, после употребления которых заболели люди. Генотипирование особенно актуально для анализа вспышек ботулизма, поскольку культуры C. botulinum отличаются большим фено- и генотипическим разнообразием. Это разнообразие обусловлено присутствием в их геномах детерминант разных типов и подтипов нейротоксина, в том числе гибридных, а также присутствием мобильных генетических элементов (например, плазмид, профагов, IS-элементов). Огромное количество информации о C. botulinum можно получить при секвенировании нуклеотидных последовательностей всего генома возбудителя. Биоинформационное прочтение нуклеотидной последовательности генома C. botulinum позволяет установить генетические особенности штамма, построить филогенетические деревья, выявив сходства/различия с геномами штаммов размещенных в GenBank <41>, наличие у него плазмид, профагов, детерминант антибиотикорезистентности, определить тип продуцируемого штаммом нейротоксина. Ожидается, что с расширением возможностей и снижением стоимости полногеномного секвенирования этот метод все больше будет заменять традиционные методы генетического типирования, используемые сейчас для характеристики бактерий. Одновременно полногеномное секвенирование позволяет нам лучше понять природу токсинпродуцирующих клостридий, их генетическое и биологическое разнообразие, генетическую пластичность.

--------------------------------

<41> Примечание: GenBank, NCBI - база данных, содержащая аннотированные последовательности ДНК и РНК, а также последовательности закодированных в них белков www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ (в свободном доступе). Примечание: допускается использовать базы данных с аналогичными или лучшими характеристиками.

3.101. Для выделения тотальной ДНК возбудителя ботулизма могут быть использованы наборы различных фирм производителей. Для полногеномного секвенирования применяют секвенаторы нового поколения, такие как платформы на основе синтеза или наношариков. Подготовку библиотек и запуск секвенирования осуществляют в соответствии с инструкциями производителя оборудования.