2. Модуль 2. Частная медицинская микробиология

2

Модуль 2. Частная медицинская микробиология

2.1

Медицинская бактериология

Особенности строения и жизнедеятельности бактерий, механизмы их патогенности. Способы диагностики (этапы лабораторной диагностики) и профилактики бактериальных инфекций. Клиническое значение, характеристика, общие подходы к идентификации следующих групп бактерий: факультативно анаэробные грамположительные кокки (рода Staphylococcus, Micrococcus и другие каталозоположительные кокки; рода Streptococcus, Enterococcus и другие каталозоотрицательные кокки); грамположительные палочки (рода Bacillus, Listeria, Erysipelothrix); представители родов Corynebacterium, Mycobacterium; грамотрицательные аэробные и факультативно-анаэробные бактерии (рода Escherichia, Salmonella, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Vibrio, Aeromonas, Pseudomonas, Acinetobacter); представители родов Brucella, Francisella, Legionella, Bartonella, Bordetella Neisseria, Haemophilus, Actinobacillus, Eikenella, Kingella, Pasteurella; анаэробные спорообразующие бактерии; анаэробные неспорообразующие бактерии; спорообразующие облигатно-анаэробные грамположительные бактерии; грамотрицательные облигатно-анаэробные бактерии; неспорообразующие облигатно-анаэробные грамположительные бактерии; спиралевидные грамотрицательные палочки (Helicobacter spp. Campylobacter spp. Leptospira spp. Borrelia spp.); облигатные внутриклеточные бактерии (Mycoplasma spp., Mycoplasmoides spp., Malacoplasma spp., Metamycoplasma spp., Mycoplasmopsis spp., Ureaplasma spp. Chlamydia spp., Rickettsia spp., Orientia spp., Ehrlichia spp., Anaplasma spp.). Антибиотики, их группы: бета-лактамы, аминогликозиды, хинолоны, тетрациклины, макролиды и линкозамиды, гликопептиды, оксазолидиноны, полимиксины, антибиотики других групп: антифолаты, рифамицины, фосфомицин, фузиданы, полимиксины, глицилциклины. Методы определения чувствительности бактерий к антибиотикам: диско-диффузионный метод, градиентный метод, методы последовательных разведений в бульоне или агаре. Правила интерпретации результатов определения чувствительности бактерий к антибиотикам, международные и национальные стандарты. Молекулярно-генетические методы выявления антибиотикорезистентности бактерий. Автоматизированные системы для определения чувствительности. Методы определения чувствительности труднокультивируемых микроорганизмов. Фенотипические методы выявления наиболее важных механизмов антибиотикорезистентности бактерий.

ПК-1, ПК-2, ПК-3

2.2

Медицинская вирусология

Введение в вирусологию. Открытие вирусов, история их изучения. Роль вирусов в инфекционной патологии человека и животных. Гипотезы происхождения вирусов. Медицинская вирусология, ее задачи и достижения. Значение профилактики и диагностики в борьбе с вирусными болезнями. Особенности принципа организации вирионов вирусов: морфология, типы симметрии, размер, простые и сложные вирусы. Характеристика структурных компонентов вириона (геном; белки, структурные и неструктурные; углеводы; липиды) и их функции. Основные принципы современной таксономии и номенклатуры вирусов, их научное и практическое значение. Прионы и вироиды, их место в таксономии. Классификация вирусов по Д. Балтимору. Клеточный геном и реализация генетической информации in vivo. Формы взаимодействия вириона вируса с клеткой. Этапы репродукции вирионов. Исходы вирусной инфекции на уровне клетки. Патогенез вирусных заболеваний, уровни патогенеза вирусных инфекций, характеристика стадий патогенеза. Исходы вирусной болезни, вирусоносительство, персистенция и реконвалесценция. Факторы иммунитета на этапах патогенеза вирусных болезней. Обзор живых систем (естественно-восприимчивые и лабораторные животные, куриные эмбрионы, культура клеток) для культивирования вирусов. Лабораторные животные, используемые для культивирования вирусов. Куриные эмбрионы в вирусологии, способы заражения куриных эмбрионов. Культура клеток: классификация, особенности, преимущество перед другими живыми системами в диагностике вирусных болезней человека и биотехнологии. Питательные среды, сыворотки и растворы, применяемые в вирусологии. Виды исследуемого материала, правила его получения и транспортировки в лабораторию. Подготовка проб пищевых продуктов к анализу на вирусные инфекции. Схемы диагностики вирусных болезней. Этапы лабораторной диагностики вирусных болезней. Общие принципы серологических реакций, понятие об антигене и антителе. Виды серологических реакций, их достоинства и недостатки, область применения. Методика проведения полимеразной цепной реакции, достоинства и недостатки. Чувствительность метода, ошибки при интерпретации результатов. ДНК-секвенирование. Ошибки в генетической диагностике. Обзор вирусных заболеваний человека. Систематика, строение, особенности репродукции и антигенных свойств вирионов; характеристика болезней, вызываемых вирусами; правила отбора, транспортировки, подготовки к анализу материала от больных и объектов окружающей среды, подготовки проб к анализу, обработки инфекционного материала; особенности вирусологической, серологической, молекулярно-биологической, микроскопической диагностики следующих групп вирусов: респираторные вирусы (вирусы гриппа, вирусы парагриппа, риновирусы, аденовирусы, коронавирусы, респираторносинцитиальный вирус, метапневмовирусы и бокавирусы); возбудители острых кишечных вирусных инфекций (ротавирусы, норовирусы, астровирусы, энтеровирусы, полиовирусы); возбудители вирусных гепатитов с фекально-оральным механизмом передачи (вирусы гепатита A и E); возбудители вирусных гепатитов с гемоконтактным механизмом передачи (вирусы гепатита B, C, D); вирус иммунодефицита человека; трансмиссивные вирусы (тогавирусы, флавивирусы, буньявирусы, рабдовирусы); герпесвирусы (вирус простого герпеса 1, 2 типов, вирус ветряной оспы, вирус Эпштейна-Барр, цитомегаловирус, герпесвирусы человека 6, 7, 8 типов); зоонозные вирусы (вирусы бешенства, клещевого энцефалита, геморрагической лихорадки с почечным синдромом); вирусы, вызывающие особо опасные вирусные заболевания (вирусы геморрагических лихорадок Эбола, Марбург и Ласса, лихорадки Западного Нила). Вирусы, управляемые средствами иммунопрофилактики (вирусы кори, краснухи, эпидемического паротита).

ПК-1, ПК-2, ПК-3

2.3

Медицинская микология

Общие вопросы медицинской микологии. Предмет и задачи медицинской микологии. История развития медицинской микологии в мире и в России. Классификация патогенных и условно-патогенных грибов. Молекулярно-биологические особенности грибов. Факторы патогенности грибов. Классификация микозов. Распространенность микозов в мире и в России. Микроскопические, культуральные, гистологические, иммунологические и молекулярно-биологические методы диагностики микозов. Современные противогрибковые лекарственные средства. Современное таксономическое положение и номенклатура возбудителей кандидоза. Методы видовой идентификации: биохимические тест-панели и анализаторы, MALDI-TOF масс-спектрометрия, полимеразная цепная реакция, ДНК-секвенирование. Чувствительность дрожжей к противогрибковым лекарственным средствам. Лабораторная диагностика поверхностного и инвазивного кандидоза. Методы посева крови и других в норме стерильных биоматериалов. Прямая микроскопия с калькофлюором белым. Некультуральные методы диагностики инвазивного кандидоза. Определение антигена и антител. Тест на -D-глюкан. Тест-системы для полимеразной цепной реакции. Устройство, оснащение и техника безопасности в микробиологической лаборатории для проведения микологических исследований. Изучение морфологических элементов грибов в биоматериале при световой и флуоресцентной микроскопии. Питательные среды для выделения грибов из биоматериала. Подготовка проб для масс-спектрометрического исследования на MALDI-TOF масс-спектрометре. Методы определения чувствительности дрожжевых грибов к противогрибковым лекарственным средствам. Идентификация атипичных, редких и новых видов возбудителей кандидоза молекулярно-биологическими методами. Лабораторная диагностика криптококкоза. Молекулярно-биологические особенности грибов рода Cryptococcus. Полисахаридная капсула. Современное таксономическое положение. Факторы патогенности. Экология возбудителей криптококкоза. Клинические формы криптококкоза. Тропизм возбудителей к центральной нервной системе. Факторы риска криптококкоза. Чувствительность возбудителей к противогрибковым лекарственным средствам. Культуральные и некультуральные методы лабораторной диагностики криптококкоза. Особенности культивирования патогенных криптококков. Определение антигена в спинномозговой жидкости и сыворотке крови. Морфологические и биохимические особенности C. neoformans. Тест на фенолоксидазную активность. Идентификация культур методами MALDI-TOF масс-спектрометрии, полимеразной цепной реакции, ДНК-секвенирования. Особенности диагностики криптококкоза легких и криптококкового остеомиелита. Редкие дрожжи - возбудители микозов. Артроконидиеобразующие дрожжи родов Geotrichum, Magnusiomyces, Saprochaete, Trichosporon, Cutaneotrichosporon. Морфологические и биохимические особенности. Таксономическое положение. Микроскопический и культуральный методы лабораторной диагностики. Идентификация культур методами MALDI-TOF масс-спектрометрии и ДНК-секвенирования. Биологические особенности Rhodotorula spp. "Черные дрожжи" Exophiala dermatitidis, Aureobasidium pullulans. Биологические особенности. Клинические формы заболеваний. Особенности морфологии и культивирования на питательных средах. Клинические признаки и лабораторная диагностика разноцветного (отрубевидного) лишая. M. furfur - возбудитель инвазивного малассезиоза. Основные группы риска. Современные методы лабораторной диагностики аспергиллеза. Морфолого-биологические особенности грибов рода Aspergillus. Структуры бесполого размножения. Условно-патогенные виды Aspergillus spp. Морфологическая идентификация основных видов. Идентификация с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии и/или методов ДНК-секвенирования. Клинические формы аспергиллеза. Факторы риска. Методы лабораторной диагностики аспергиллеза: прямая микроскопия биоматериала, посев на питательные среды, иммунологический метод (определение галактоманнана), тест на -D-глюкан, ПЦР-диагностика. Методы определения чувствительности возбудителей аспергиллеза к противогрибковым лекарственным средствам. Лабораторная диагностика мукормикоза. Отдел грибов Mucoromycota. Порядок Mucorales. Особенности строения мицелия. Бесполое и половое размножение. Возбудители мукормикоза. Клинические формы мукормикоза. Методы лабораторной диагностики. Флуоресцентная микроскопия. Особенности культивирования мукоромицетов. Морфологические особенности мукоромицетов в биоматериале и гистологических препаратах, в культурах. Лабораторная диагностика гиалогифомикоза. Основные возбудители гиалогифомикоза. Систематическое положение. Особенности морфологии в культуре и в биоматериале. Клинические формы гиалогифомикоза. Микотический кератит. Поверхностный и инвазивный фузариоз. Методы диагностики. Идентификация гиалогифомицетов по морфологическим ключам. Идентификация с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии и/или методов ДНК-секвенирования. Морфологические особенности грибов рода Fusarium. Морфологические особенности Acremonium-подобных грибов. Культуральные и морфологические особенности Scedosporium apiospermum S. boydii. Морфологические особенности грибов родов Penicillium, Paecilomyces, Purpureocillium, Marquandomyces. Возбудители хромомикоза и феогифомикоза. Тканевые формы возбудителей при хромомикозе и феогифомикозе. Особенности культивирования. Основные возбудители хромомикоза. Fonsecaeapedrosoi, F. compacta, Phialophora verrucosa, Cladophialophora carrionii. Клинические признаки хромомикоза. Виды биоматериала для микроскопического и культурального исследования на хромомикоз. Факторы риска хромомикоза. Нейротропный вид Cladophialophora bantiana. Альтернариоз. Клинические формы. Морфология грибов рода Altemaria. Методы диагностики хромомикоза и феогифомикоза: микроскопический, культуральный, гистологический. Прямая микроскопия биоматериала для выявления структур возбудителей хромомикоза и феогифомикоза. Дерматомицеты - основные возбудители микозов кожи и ее придатков. Молекулярно-биологические особенности дерматомицетов. Кератинофильные грибы. Систематическое положение и современная таксономия дерматомицетов. Семейство грибов Arthrodermataceae. Экологические группы дерматомицетов: антропофилы, зоофилы, геофилы. Род Trichophyton. Основные возбудители микозов ногтей, кожи, волос. Типы поражения волоса. Культуральные, морфологические и молекулярно-генетические особенности грибов рода Trichophyton. Новый вид - T. indotineae. Возбудители микроспории. Культуральные и морфологические особенности. Грибы рода Nannizzia - геофильные дерматомицеты. Epidermophyton floccosum. Методы определения чувствительности дерматомицетов к лекарственным средствам. Методы диагностики дерматомикозов и видовой идентификации дерматомицетов: микроскопические, культуральные, полимеразной цепной реакции, ДНК-секвенирование, MALDI-TOF масс-спектрометрия. Морфология дерматомицетов в биоматериале (соскобах с кожи, ногтей, волосах). Световая и люминесцентная микроскопия. Особенности культивирования биоматериала. Диморфные грибковые патогены. Тканевые и культуральные формы диморфных грибов. Эндемичные грибковые возбудители II группы патогенности. Методы лабораторной диагностики особо опасных эндемичных микозов. Иммунологический метод диагностики. ПЦР-диагностика. Микроскопический, культуральный, гистологический методы диагностики. Возбудители гистоплазмоза. Ареалы обитания Histoplasma capsulatum, H. duboisii. Морфология возбудителей в биоматериале, тканях. Возбудители кокцидиоидоза. Ареалы обитания Coccidioides immitis, C. posadasii. Морфология возбудителей в биоматериале, тканях. Возбудители бластомикоза. Ареалы обитания Blastomyces dermatitidis, B.gilchristii. Морфология возбудителей в биоматериале, тканях. Возбудители паракокцидиоидоза. Ареал обитания Paracocidioides brasiliensis. Морфология возбудителей в биоматериале, тканях. Возбудители эмергомикоза. Ареалы распространения. Клинические формы. Методы диагностики. Talaromyces mameffei. Ареал обитания. Морфология в ткани и в культуре. Методы лабораторной диагностики. Диморфные (не эндемичные) патогены - возбудители споротрихоза. Ареалы обитания Sporothrix schenkii, S. globosa. Морфология в биоматериале, тканях и культуре на питательной среде. Клинические формы споротрихоза. Методы лабораторной диагностики. Идентификация с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии и/или методов ДНК-секвенирования. Некультивируемые патогенные грибы и грибоподобные организмы. Pneumocystis jirovecii - возбудитель пневмоцистной пневмонии. Систематическое положение. Морфология в биоматериале. Методы лабораторной диагностики. Гистологический метод. ПЦР-диагностика. Тест на -D-глюкан. Rhinosporidium seeberi - грибоподобный некультивируемый организм. Клинические формы риноспоридиоза. Методы диагностики. Возбудители прототекоза. Грибоподобные бесхлорофильные водоросли Prototheca wickerhamiae, P. zopfii. Особенности морфологии. Клинические формы. Факторы риска. Методы диагностики.

ПК-1, ПК-2, ПК-3

2.4

Медицинская паразитология

Паразитология как наука. Введение в медицинскую паразитологию, история, цель и задачи, основные понятия и термины. Эпидемиология паразитарных болезней. Классификация паразитарных болезней. Правила техники безопасности при проведении паразитологических исследований. Возбудители протозоозов с фекально-оральным механизмом передачи. Общая характеристика болезней (амебиаз, лямблиоз, криптоспоридиоз, балантидиаз). Условно-патогенные простейшие кишечника человека и виды, патогенность которых не установлена. Особенности лабораторной диагностики кишечных простейших, методы их обнаружения и исследования. Алгоритм дифференциальной диагностики вегетативных стадий и цист (ооцист) простейших. Экспресс тесты для определения антигенов лямблий и криптоспоридий в пробах кала. Возбудители протозоозов с трансмиссивным механизмом передачи. Паразитологическая характеристика возбудителей малярии человека (Plasmodium vivax, P. falciparum, P. ovale, P. malariae), особенности жизненного цикла, краткая характеристика течения болезней. Лейшманиозы и трипаносомозы. Распространение, ареалы возбудителей. Краткая характеристика болезней, профилактика, диагностика. Основные технические приемы лабораторной диагностики малярии, лейшманиозов, трипаносомозов. Алгоритм просмотра препаратов крови на малярию, определение вида паразита. Причины диагностических ошибок. Биологические особенности возбудителей гельминтозов, жизненные циклы. Эпидемиология гельминтозов, биологическая и эпидемиологическая классификация возбудителей гельминтозов. Кишечные цестодозы, трематодозы и нематодозы. Этиология, распространение, общая характеристика болезней, диагностика. Лабораторные методы исследования фекалий. Методы обогащения: флотационные и седиментационные, исследование перианальных соскобов. Дифференциальная диагностика яиц, личинок и члеников гельминтов. Тканевые гельминтозы (трихинеллез, дирофиляриоз, токсокароз, эхинококкозы, цистицеркоз). Особенности биологии возбудителей, источники инвазии и механизмы передачи, профилактика. Роль рентгенологических и сканирующих методов в дифференциальной диагностике эхинококкозов, цистицеркоза. Генодиагностические методы. Морфологические методы исследования ларвоцист при цистном и альвеолярном эхинококкозах. Особенности иммунологической диагностики токсокароза, цистицеркоза, трихинеллеза, эхинококкозов. Оценка результатов ИФА. Демодекоз, чесотка, педикулез. Характеристика возбудителей. Источники и механизм передачи. Мероприятия по профилактике паразитарных болезней, передающихся через укусы насекомых и клещей.

ПК-1, ПК-2, ПК-3

2.5

Клиническая микробиология

Цель и задачи клинической микробиологии. Этапы микробиологического исследования. Внутрилабораторный контроль качества каждого этапа, ведение записей. Инфекции в области хирургического вмешательства. Возбудители сепсиса. Возбудители острых кишечных инфекций бактериальной, вирусной природы, а также вызванные простейшими, и пищевые отравления микробной природы. Основные инфекции беременных, рожениц, родильниц, новорожденных. Инфекции верхних и нижних дыхательных путей. Классификация пневмоний по источнику (вне и внутрибольничные). Инфекции мочевыводящих путей. Урогенитальные инфекции. Инфекции, передаваемые половым путем. Воспалительные заболевания челюстно-лицевой области (флегмоны, абсцессы, актиномикоз). Понятие об инфекциях, связанных с оказанием медицинской помощи. Правила получения клинического материала для микроскопических, молекулярно-биологических и культуральных методов исследования. Особенности культивирования строгих анаэробов. Использование мультиплексных методов полимеразной цепной реакции в реальном времени. Автоматизированное оборудование для диагностики сепсиса. Интерпретация проведенных микробиологических исследований и оформление клинико-лабораторного заключения. Использование сочетанного алгоритма микроскопического и молекулярно-биологического методов исследования.

ПК-1, ПК-2, ПК-3

2.6

Санитарная микробиология

Цели, задачи санитарной микробиологии. Принципы отбора проб. Методы санитарной микробиологии, их достоинства и недостатки. Экспресс-диагностика в санитарной микробиологии. Понятие об общем микробном числе и санитарно-показательных микроорганизмах. Группы санитарно-показательных микроорганизмов. Бактериофаги как показатели вирусного загрязнения. Общие принципы нормирования бактерий, грибов, вирусов, простейших в объектах окружающей среды. Санитарно-микробиологическое исследование пищевых продуктов. Почва, общая характеристика микробиоты почв. Санитарная микробиология воды. Санитарная микробиология воздуха. Санитарно-микробиологическое исследование объектов окружающей среды методом смывов. Оценка косметической продукции, средств для гигиены полости рта, лекарственных форм, воды для инъекций, воды очищенной по микробиологическим показателям безопасности. Оформление протокола микробиологических исследований. Выдача заключения о соответствии документам в области нормирования. Составление примерной программы производственного контроля для отделения медицинской организации.

ПК-1, ПК-2, ПК-3

2.7

Индикация и идентификация возбудителей особо опасных и природно-очаговых инфекций, в том числе требующих проведения мероприятий по санитарной охране территории

Возбудители особо опасных инфекций бактериальной, вирусной и риккетсиозной природы. Возбудители особо опасных микозов. Особенности диагностики особо опасных инфекций. Правила работы с микроорганизмами I - II групп патогенности. Основные методы специфической индикации возбудителей особо опасных и природно-очаговых инфекций в биологическом материале и объектах окружающей среды.

ПК-1, ПК-2, ПК-3

2.8

Промежуточная аттестация по модулю 2

Контроль результатов обучения в рамках освоения тем 2.1 - 2.7.

ПК-1, ПК-2, ПК-3