Таблица N 4. Критерии эффективности методики полногеномного секвенирования
Таблица N 4. Критерии эффективности методики
полногеномного секвенирования
Этап анализа
|
Характеристика
|
Описание характеристики
|
Критерий
|
Подготовка библиотеки для секвенирования
|
Концентрация геномной ДНК
|
|
не менее 0,2 нг/мкл
|
Размер фрагментов ДНК
|
Распределение фрагментов по длинам, устанавливается электрофоретически (например, на капиллярных анализаторах)
|
распределение в диапазоне 250 - 1000 п.н. Максимум распределения 300 - 500 п.н.
|
Проведение массового параллельного секвенирования
|
Распределение качества идентификации нуклеотидов
|
Q = -10log10p, где
p - вероятность неправильного определения нуклеотида
|
Q > 20, то есть вероятность ошибки не более 0,01
|
Среднее качество прочтения
|
|
Q > 25
|
Служебные последовательности
|
Наличие служебных последовательностей (адаптеров, индексов) в прочтении
|
должны отсутствовать
|
Покрытие чтения
|
число чтений, содержащих определенный нуклеотид последовательности генома
|
не менее десятикратного покрытия
|
Представленность нуклеотидов в каждом цикле
|
Максимальное отклонение между A и T или G и C
|
не более 20% в любой позиции
|
GC-состав на прочтение
|
Сумма отклонений от ожидаемого распределения
|
не более 30% прочтений
|