В связи с переходом с 1 января 2019 года на применение повышенной ставки НДС ФНС России подготовлены подробные рекомендации для налогоплательщиков

В частности, разъясняется следующее:

начиная с 1 января 2019 года применяется налоговая ставка по НДС в размере 20% независимо от даты и условий заключения договоров на реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав. Внесение изменений в договор в части размера ставки НДС не требуется;

при получении до 1 января 2019 оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (работ, услуг), имущественных прав исчисление НДС после этой даты производится по налоговой ставке в размере 18/118 процента;

если доплата налога в размере 2% осуществляется покупателем с 1 января 2019, то такую доплату не следует рассматривать в качестве дополнительной оплаты стоимости, с которой необходимо исчислять НДС по ставке 20/120. При получении такой доплаты налога продавцу следует выставить корректировочный счет-фактуру на разницу между показателем суммы налога по счету-фактуре, составленному ранее с НДС 18/118, и показателем суммы налога, рассчитанной с учетом размера доплаты налога;

в случае если товары (работы, услуги), имущественные права отгружены (переданы) до 1 января 2019, то при изменении их стоимости после этой даты применяется налоговая ставка, действовавшая на дату отгрузки (передачи). В этом случае в графе 7 корректировочного счета-фактуры указывается та налоговая ставка по НДС, которая была указана ранее;

при возврате с 1 января 2019 товаров продавцу рекомендуется выставлять корректировочные счета-фактуры на стоимость возвращенных товаров независимо от периода отгрузки товаров. При этом если в графе 7 счета-фактуры, к которому составлен корректировочный счет-фактура, указана налоговая ставка 18 процентов, то в графе 7 корректировочного счета-фактуры также указывается налоговая ставка 18%.

См также:
Обзор: "НДС 20%: налоговики выпустили рекомендации по переходу на новую ставку" (КонсультантПлюс, 2018)