ПЕРЕЧЕНЬ ИДЕНТИФИЦИРУЕМЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ SARS-COV-2

В настоящее время (на 10.01.2022) к вариантам ВЭП (VOC) относятся штаммы, принадлежащие к линиям:

- Alpha, B.1.1.7 ("Британский");

- Beta, B.1.351 ("ЮАР");

- Gamma, P.1 линии B.1.1.28 ("Бразильский");

- Kappa, B.1.617.1 ("Индийский.1");

- Delta, B.1.617.2 ("Индийский.2").

- Omicron, B.1.1.529 ("Южно-Африканский")

К вариантам ТДИ (VUI) (на 12.06.2021) относятся:

- AT.1 линии B.1.1.370.1;

- B.1.1.523 (ранее относился к линии B.1.1.451, согласно PANGOILIN)

Ниже приводятся рекомендации по дифференциации вышеуказанных геновариантов с помощью методов (1) фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок, (2) секвенирования по Сэнгеру полного гена S-белка, (3) полногеномного секвенирования.

Информация о характерных мутациях S-гена для каждой линии приведена в таблице 1.

Таблица 1. Характерные мутации S-гена геновариантов ВЭП и ТДИ.

	Мутации гена S
Alpha, B.1.1.7	H69-, V70-, Y144-, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H
Beta, B.1.351	D80A, D215G, L241-, L242-, A243-, K417N, E484K, N501Y, D614G, A701V
Gamma, P.1	L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I, V1176F
Delta, B.1.617.2	T19R, E156-, F157-, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N
Kappa, B.1.617.1	G142D, E154K, L452R, E484Q, D614G, P681R, Q1071H
AT.1 линии B.1.1.370.1	P9L, D215G, C136-, N137-, D138-, P139-, F140-, L141-, G142-, V143-, Y144-, H245P, F306I, T307S, V308C, E309R, K310S, G311V, I312L, E484K, N679K, ins_679_GIAL, E780K
B.1.1.523	E156-, F157-, R158-, F306L, E484K, S494P, E780A
B.1.1.529

Приложение 3. Обязательство о неразглашении конфиденциальной информации 1. Алгоритм дифференциации генетических вариантов вируса SARS-CoV-2 с помощью фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок