Таблица N 3. Критерии эффективности методики полногеномного секвенирования

Этап анализа

Характеристика

Описание характеристики

Критерий

Подготовка библиотеки для секвенирования

Концентрация геномной ДНК

Не менее 0,2 нг/мкл

Размер фрагментов ДНК

Распределение фрагментов по длинам, устанавливается электрофоретически

Распределение в диапазоне 250 - 1000 п.н.

Максимум распределения 300 - 500 п.н.

Проведение массового параллельного секвенирования

Распределение качества идентификации нуклеотидов

Q = -10log10p, где

p - вероятность неправильного определения нуклеотида

Q > 20, то есть вероятность ошибки не более 0,01

Среднее качество прочтения

Q > 25

Служебные последовательности

Наличие служебных последовательностей (адаптеров, индексов) в прочтении

Должны отсутствовать

Покрытие чтения

Число чтений, содержащих определенный нуклеотид последовательности генома

Не менее десятикратного покрытия

Представленность нуклеотидов в каждом цикле

Максимальное отклонение между A и T или G и C

Не более 20% в любой позиции

GC-состав на прочтение

Сумма отклонений от ожидаемого распределения

Не более 30% прочтений