Приложение 2

к МР 3.1.0366-25

ОСНОВНЫЕ ПРИНЦИПЫ
ИНТЕРПРЕТАЦИИ РЕЗУЛЬТАТОВ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА
НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ, ПОЛУЧЕННЫХ ОТ БОЛЬНЫХ
ВИЧ-ИНФЕКЦИЕЙ И ВИРУСНЫМ ГЕПАТИТОМ C

1. Филогенетический анализ изучает различия в последовательности генома ВИЧ или ВГC с использованием методов математического анализа для расчета генетической дистанции между штаммами. Сравнивая последовательности нуклеотидов и выявляя монофилетические кластеры штаммов вируса, можно предположить, что такие вирусы выделены от людей, эпидемиологически связанных друг с другом. Филогенетические деревья используются для описания степени родства штаммов ВИЧ или ВГC, потому что они визуально отражают эволюционные взаимосвязи изменения генома вирусов при происхождении от общих предков.

Рис. 6. Принципы молекулярной эпидемиологии

Пример отражения на филогенетическом дереве цепочки случаев передачи инфекции приведен на рис. 6. На этом упрощенном филогенетическом дереве каждый штамм вируса представлен отдельной веткой, при этом штаммы N 2 - 5, являющиеся потомком вируса N 1, связаны друг с другом.

2. Метод филогенетического анализа обладает высокой ценностью отрицательного результата при ограниченной ценности положительного результата. Это означает, что, когда филогенетический анализ показывает, что два исследуемых штамма не связаны между собой, эти результаты считаются достаточно убедительными, чтобы исключить возможность прямой передачи инфекции.

3. Если филогенетический анализ демонстрирует эпидемиологическую (генетическую) близость между двумя штаммами вирусов, такой результат считается доказательством передачи инфекции только в сочетании с другими эпидемиологическими данными. В отличие от ДНК человека, которая остается стабильной на протяжении всей его жизни, для РНК ВИЧ и ВГC характерна высокая степень изменчивости. Генетическая изменчивость ВИЧ и ВГC приводит к возникновению в организме одного человека множества вирусов, с многочисленными мутациями (квазивидов), поэтому даже эпидемиологически "связанные" люди никогда не имеют полностью одинаковые штаммы вируса. При проведении данного исследования используется контрольная группа, штаммы, полученные от которой, включаются в сравнение со штаммами исследуемой группы, неверный выбор образцов для контрольной группы приводит к ошибочным результатам. В исследуемую группу рекомендуется включить пострадавшего/пострадавших и всех лиц, потенциально являющихся для него или для них источником инфекции.

4. При проведении эпидемиологического расследования в ряде случаев можно исключить один из вариантов направления передачи инфекции, исходя из известных сроков инфицирования больных, возможных путей передачи инфекции, клинических проявлений и результатов лабораторной диагностики заболевания.

Рис. 7. Возможные варианты характера эпидемиологической

связи между двумя лицами

Если филогенетический анализ демонстрирует, что два штамма ВИЧ или ВГC больше связаны друг с другом, чем с образцами контрольной группы, то можно предположить, что один из пациентов заражен от другого, но нельзя исключить альтернативные версии заражения ВИЧ-инфекцией или ГC, связанные с неустановленным промежуточным источником инфекции или направлением передачи вируса (рис. 7). Современные методы генотипирования недостаточно надежны для оценки направления передачи инфекции, однако последние достижения в рамках технологии массового параллельного секвенирования могут расширить возможности филогенетического анализа в будущем.

5. При наличии эпидемиологической связи между пациентами N 1 и N 2 ее характер может быть различным. Согласно данным, приведенным на рис. 7а и 7г, пациент N 2 может быть инфицирован от пациента N 1, но возможна и передача в противоположном направлении. Нельзя исключить (рис. 7б), что оба пациента (N 1 и N 2) были заражены от какого-либо третьего неизвестного нам пациента. Также пациенты N 1 и N 2 могут быть заражены последовательно, но не напрямую, а через какое-либо другое лицо (N 3) или даже цепочку случаев передачи инфекции (N 3, N 4), что отражено на рис 7в, 7д и 7е. Нельзя исключить повторное инфицирование другим штаммом ВИЧ (суперинфекция) уже ранее инфицированного ВИЧ человека.