9.3. Оценка степени генетического сходства ДНК микроорганизмов рода Salmonella, выделенных из различных источников

9.3.1. Исследования по оценке степени генетического сходства штаммов сальмонелл в рамках реализации федерального государственного санитарно-эпидемиологического контроля (надзора) проводятся на базе соответствующих референс-центров, региональных центров по мониторингу за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней II - IV групп патогенности, центров секвенирования и научно-исследовательских организаций <33>.

--------------------------------

<33> Приказ Роспотребнадзора от 01.12.2017 N 1116.

9.3.2. В рамках реализации федерального государственного санитарно-эпидемиологического контроля (надзора) для оценки степени генетического сходства ДНК микроорганизмов рода Salmonella используют методы субвидового генетического типирования, обеспечивающие:

- необходимую для исследований разрешающую способность (способность дифференцировки штаммов микроорганизмов внутри определенного серовара сальмонелл, циркулирующих на данной территории);

- межлабораторную воспроизводимость результатов исследований, отсутствие субъективизма при интерпретации их результатов;

- эпидемиологическую согласованность - соответствие данных эпидемиологического анализа результатам субвидового генетического типирования, обеспечиваемое стабильностью изучаемого признака в рамках эпидемиологического явления.

9.3.3. Различные методы субвидового генетического типирования микроорганизмов рода Salmonella, выделенных из различных источников, имеют максимальную информативность при их использовании на чистых культурах, выделенных при первичном исследовании образцов.

9.3.4. Перечень рекомендованных к применению методов генетического субвидового типирования микроорганизмов рода Salmonella:

- полногеномное секвенирование ДНК изолированной из чистых культур с реализацией алгоритмов в формате сравнения ортологичных однонуклеотидных вариаций, расположенных на хромосомной ДНК или полногеномное мультилокусное секвенирование-типирование (англ. multilocus sequence typing, MLST). Полногеномное секвенирование является референтным методом субвидового типирования для бактериальных изолятов.

- анализ набора продуктов рестрикции тотальной ДНК в пульсирующем электрическом поле (например, электрофорез в пульсирующем поле (англ. pulsed-field gel electrophoresis (далее - PFGE) с обязательным использованием стандартизированных протоколов и применением специализированного программного обеспечения для объективного учета результатов. Длительно применявшийся в качестве базового метода субтипирования, имеющий относительно низкую себестоимость и универсальность (возможность исследования различных видов бактерий). Ограниченно негативное влияние на эпидемиологическую конкордантность метода может оказывать участие плазмид в формировании анализируемого паттерна, существование высококлональных серотипов сальмонелл (штаммы которых имеют высокую генетическую схожесть между друг другом), например, штаммы S. Enteritidis.

- анализ участков геномной ДНК бактерии, содержащих тандемные повторы с переменной копийностью (англ. multiple locus variable number of tandem repeats analysis, далее - MLVA) с обязательным использованием стандартизированных протоколов и применением специализированного программного обеспечения для объективного учета результатов. Метод, характеризующийся высокими показателями дифференцирующей способности (в сравнении с PFGE) и воспроизводимостью. Унифицированность (в сравнении с PFGE) метода в отношении различных патогенов более низкая и достигается на уровне вида или серовара.

9.3.5. Результаты оценки степени генетического сходства штаммов получают эпидемиологическую интерпретацию в рамках комплексного эпидемиологического расследования, так как в изолированном виде не могут свидетельствовать о эпидемиологической связи между источниками их выделения, а позволяют лишь исключить наличие такой связи.

9.3.6. Заключение по результатам оценки степени генетического сходства ДНК штаммов Salmonellaм может включать следующую информацию:

- количество, состояние полученных культур микроорганизмов;

- краткое описание используемой методики с указанием используемого оборудования и программного обеспечения, при использовании метода полногеномного секвенирования - основные метрики результатов секвенирования, результаты молекулярного серотипирования, степень генетического сходства штаммов. В зависимости от целей исследования могут быть представлены и другие результаты анализа, например, наличие генов - генетических детерминант резистентности, генов - генетических детерминант вирулентности, филогенетический анализ в который включены штаммы сальмонелл сходного серотипа, циркулирующие на смежных территориях Российской Федерации и (или) за рубежом;

- при использовании методик, результаты которых имеют форму паттернов (MLVA, PFGE), краткое описание используемой методики с указанием используемого оборудования и программного обеспечения, графическое представление полученных результатов, а также заключение о степени генетического сходства штаммов.

9.3.8. При получении дискордантных результатов между рекомендованными методами субвидового генетического типирования (PFGE, MLVA) учитываются результаты метода, продемонстрировавшего более высокую дифференцирующую способность на исследуемой выборке образцов.

9.3.9. Результаты применения методов полногеномного секвенирования бактериальных патогенов имеют количественный характер, требующий различных критериев интерпретации степени генетического сходства при разных эпидемиологических явлениях.