V. Алгоритм дифференциации генетических вариантов вируса SARS-CoV-2

5.1. Актуальный список вариантов, подлежащих исследованию, с указанием искомых мутаций, а также их распределения по амплифицируемым фрагментам из протоколов Университета Женевы и ARTIC v.3 или других приводится в техническом бюллетене, обновляемом 1 и 15 числа каждого месяца на портале https://genome.crie.ru/.

В случае оперативной необходимости бюллетень может быть дополнительно актуализирован.

Информация об актуализации данных поступает в виде информационной рассылки с портала https://genome.crie.ru/ в научно-исследовательские организации Роспотребнадзора, осуществляющие проведение секвенирования (приложение 4).

5.2. Для дифференциации геновариантов вируса SARS-CoV-2 используются методы (1) фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок, (2) секвенирования полной последовательности S-гена или (3) секвенирование полного генома вируса SARS-CoV-2.

5.3. При применении методов секвенирования последовательно проводится (1) амплификация необходимых фрагментов генома SARS-CoV-2, определения наличия продуктов амплификации, (2) секвенирование пригодных образцов выбранным методом, из числа перечисленных ниже, (3) выдача заключения о вероятной принадлежности к искомому геноварианту.

5.4. Сроки проведения оценки качества (амплификация необходимых фрагментов генома SARS-CoV-2, определение наличия продуктов амплификации) - не более 3 суток от момента поставки образцов (96 или менее).

Сроки проведения фрагментного секвенирования пригодных образцов (любым выбранным протоколом) - не более 4 дней от момента получения заключения о качестве.

Сроки проведения секвенирования гена S-белка (любым выбранным протоколом) - не более 7 дней от момента получения заключения о качестве.

Сроки проведения полногеномного секвенирования пригодных образцов (любым выбранным протоколом) - не более 12 дней от момента получения заключения о качестве.

Сроки выдачи заключения о вероятной принадлежности вируса к одному из искомых вариантов - образца не более 1 дня от момента завершения секвенирования.

5.5. Организациям, участвующим в секвенировании, рекомендуется обращать внимание на новые возникающие геноварианты и при закреплении таких в популяции сообщать о них, высылая письмо с описанием геноварианта и рекомендациями по выявлению по адресу crie@pcr.ru".

5.6. Инструкция по работе с программой genome.crie.ru приведена в приложении 5 к настоящим методическим рекомендациям.