2.3.1 Микробиологическая диагностика

Микробиологическая диагностика при ВП включает микробиологическое (культуральное) исследование мокроты или других респираторных образцов - трахеальный аспират (ТА) и др., венозной крови, экспресс-тесты по выявлению пневмококковой и легионеллезной антигенурии, молекулярно-биологические исследования методом ПЦР для выявления некультивируемых/трудно культивируемых бактериальных возбудителей и респираторных вирусов, иммуносерологические исследования (определение антител классов M, G (IgM, IgG) к возбудителю в крови) [1, 19, 33, 57, 58]. Она проводится с целью установления этиологии заболевания и определения чувствительности бактериальных возбудителей ВП к АБП системного действия.

- Амбулаторным пациентам с ВП микробиологические исследования не рекомендуются для рутинной диагностики [1].

Уровень убедительности рекомендаций C (уровень достоверности доказательств - 5)

Комментарии: В данной группе пациентов исследования, направленные на верификацию этиологического диагноза при ВП недостаточно информативны. Их проведение целесообразно у отдельных категорий пациентов, например, при неэффективности стартовой терапии, подозрении на инфицирование конкретным возбудителем с учетом клинических, эпидемиологических факторов риска) [19, 180].

- Всем госпитализированным пациентам с ВП рекомендуется микроскопическое исследование нативного и окрашенного препарата мокроты (по Граму) и микробиологическое (культуральное) исследование респираторного образца - мокроты или ТА (у пациентов, находящихся на ИВЛ) для принятия решения о выборе стартового режима эмпирической АБТ, необходимости ее коррекции и/или ранней деэскалации [1, 262].

Уровень убедительности рекомендаций B (уровень достоверности доказательств - 1)

Комментарии:

Образец свободно отделяемой мокроты должен быть получен у всех пациентов с продуктивным кашлем в как можно более ранние сроки с момента госпитализации и до начала АБТ. При непродуктивном кашле может быть предпринята попытка получения индуцированной мокроты (см. Приложение). В случае интубации и начала ИВЛ для культурального исследования вместо мокроты должен быть получен ТА [19, 33, 58].

На сегодняшний день нет убедительных доказательств того, что микробиологическое (культуральное) исследование мокроты улучшает исходы лечения ВП у конкретных пациентов. Однако, учитывая высокую частоту неэффективности стартовой АБТ, растущую резистентность ключевых респираторных патогенов (в первую очередь S. pneumoniae) к АБ, результаты исследования позволят скорректировать стартовый режим АБТ и/или провести его раннюю деэскалацию.

Выявление в мазке большого количества грамположительных или грамотрицательных микроорганизмов с типичной морфологией (ланцетовидных грамположительных диплококков - S. pneumoniae; слабо окрашенных грамотрицательных коккобацилл - H. influenzae и т.п.) может служить ориентиром для выбора эмпирической АБТ [19, 58].

Интерпретация результатов культурального исследования мокроты и ТА должна проводиться с учетом микроскопического исследования окрашенного по Граму препарата мокроты и клинических данных, так как данные образцы могут быть контаминированы микрофлорой полости рта и верхних дыхательных путей [60].

- Всем госпитализированным пациентам с ВП при наличии плеврального выпота и показаний к плевральной пункции рекомендуется микробиологическое (культуральное) исследование плевральной жидкости на аэробные и факультативно-анаэробные микроорганизмы [1].

Уровень убедительности рекомендаций C (уровень достоверности доказательств - 5)

Комментарии: Так как плевральная жидкость в норме стерильна, данный образец при соблюдении правил получения, хранения и транспортировки отличается 100% специфичностью. Принципы выявления и идентификации микроорганизмов при исследовании плевральной жидкости и определения чувствительности к АБ аналогичны исследованию других респираторных образцов [58, 60, 180].

- Всем пациентам с ТВП рекомендуется микробиологическое (культуральное) исследование двух образцов венозной крови на стерильность с целью выявления бактериемии [1, 7].

Уровень убедительности рекомендаций C (уровень достоверности доказательств - 5)

Комментарии: Бактериемия встречается при инфицировании разными возбудителями (энтеробактерии, P. aeruginosa, S. aureus), но наиболее характерна для ВП пневмококковой этиологии [7, 10, 181]. Культуральное исследование крови при высокой специфичности отличается низкой чувствительностью - частота положительных результатов гемокультуры варьирует от 5 до 30% [10, 62 - 64]. Информативность исследования зависит от соблюдения правил получения, хранения и транспортировки образцов (см. Приложение).

- Всем пациентам с ТВП во время эпидемии в стране или регионе, наличии соответствующих клинических и/или эпидемиологических данных рекомендуется исследование респираторного образца (предпочтительно мокрота или ТА, при невозможности - респираторный мазок) на вирусы гриппа и другие респираторные вирусы, включая SARS-CoV-2 с целью выбора оптимального режима антимикробной терапии - определение РНК вирусов гриппа методом ПЦР, молекулярно-биологические исследования мазков со слизистой оболочки носоглотки, ротоглотки, иммунохроматографические экспресс-исследования [58].

Уровень убедительности рекомендаций C (Уровень достоверности доказательств - 5)

Комментарии: Основным методом идентификации вирусов в настоящее время является ПЦР и ее модификации [19, 58]. Существующие тест-системы позволяют выявлять вирусы гриппа A и B, определить субтип вирусов гриппа A, например, выявить пандемический вариант A/H1N1pdm2009 и высоко патогенный вирус гриппа птиц A/H5N [19, 58]. Существуют экспресс-тесты для выявления антигенов гриппа А и Б в респираторных образцах, основанные на иммуноферментном анализе (ИФА) или иммунохроматографическом методе [58]. Их основным преимуществом является возможность выполнения "у постели пациента". Однако они характеризуются вариабельной чувствительностью и специфичностью, в связи с чем могут использоваться только в качестве скрининговых тестов с необходимостью дальнейшего подтверждения результатов исследования более точными методами, в частности ПЦР [66].

Ранняя диагностика вирусов гриппа при ТВП играет важную роль при выборе режима эмпирической терапии и ассоциируется с улучшением прогноза [182]. Выявление большинства других респираторных вирусов не позволяет на данном этапе проводить этиотропную терапию (лечение инфекции, вызванной SARS-CoV-2, регламентируется отдельными клиническими рекомендациями). Однако ко-инфицирование вирусами и бактериальными возбудителями ухудшает прогноз при ТВП [16, 17]. Доступны мультиплексные ПЦР тест-системы, предусматривающие одновременное выявление РНК/ДНК нескольких респираторных вирусов, в частности, PC-вируса, метапневмовируса и бокавируса человека, вирусов парагриппа, аденовирусов, коронавирусов, риновирусов [58].

Правила получения респираторных мазков для выявления вирусов гриппа представлены в Приложение A3.

- Всем пациентам с ТВП рекомендуется выполнение экспресс-тестов на наличие пневмококковой и легионеллезной антигенурии (Определение антигенов возбудителя (Streptococcus pneumoniae) и возбудителя легионеллеза (legionella/pneumophila) в моче) с целью этиологической верификации ВП и назначения стартовой этиотропной АБТ [1, 58].

Уровень убедительности рекомендаций C (уровень достоверности доказательств - 5)

Комментарии: Для диагностики ВП, вызванной L. pneumophila серогруппы I, разработаны иммунохроматографический тест и тест на основе иммуноферментного анализа (ИФА). Чувствительность иммунохроматографического теста для выявления L. pneumophila у пациентов с ТВП превосходит 85%, специфичность - 95% [67 - 69]. Отрицательный тест не исключает окончательно диагноза легионеллезной пневмонии, так как он не валидирован для выявления L. pneumophila других серогрупп и легионелл других видов. Однако, по данным эпидемиологических исследований, на долю L. pneumophila серогруппы I приходится не менее 80% случаев внебольничного легионеллеза [70].

Для экспресс-диагностики пневмококковой ВП используется иммунохроматографический тест, предусматривающий выявление пневмококкового клеточного полисахарида в моче [71]. Тест демонстрирует приемлемую чувствительность (70 - 75%) и достаточно высокую специфичность (> 90%) при ВП у взрослых по сравнению с культуральными методами [72 - 73]. Его использование особенно актуально при невозможности получения качественного респираторного образца и обследовании пациентов, получающих системную АБТ [71].

В РКИ не выявлено положительного влияния выполнения экспрес-тестов на исходы у пациентов с ВП, однако в наблюдательных исследованиях продемонстрировано их благоприятное влияние на прогноз [183, 184]. Ранняя идентификация возбудителей с помощью экспресс-тестов позволяет скорректировать режим стартовой АБТ.

Экспресс-тесты остаются положительными в течение нескольких недель после перенесенного эпизода ВП, поэтому они имеют диагностическую ценность только при наличии клинических проявлений заболевания. Экспресс-тест на пневмококовую антигенурию может быть ложноположительным при носительстве S. pneumoniae и у лиц с ХОБЛ [58, 71].

- При ВП не рекомендуется рутинное использование методов идентификации M. pneumoniae, C. pneumoniae, редких трудно-/некультивируемых бактериальных возбудителей для рутинной диагностики [58].

Уровень убедительности рекомендаций C (уровень достоверности доказательств - 5)

Комментарии: Целесообразность выполнения исследований, направленных на выявление M. pneumoniae и C. pneumoniae, должна определяться клиническими показаниями для конкретного пациента и/или эпидемиологической обстановкой в регионе/ЛПУ. Основной метод диагностики микоплазменной пневмонии - ПЦР и ее модификации, в частности ПЦР в реальном времени (ПЦР-РТ), для выявления C. pneumoniae используются молекулярные и серологические методы исследования [19]. Предпочтительно исследовать клинический материал из нижних дыхательных путей (мокрота, ТА), при невозможности их получения - объединенный мазок из носоглотки и задней стенки глотки [19]. Доступны мультиплексные тест-системы, предполагающие одновременное выявление в исследуемом материале ДНК M. pneumoniae и C. pneumoniae [58].

- При ВП не рекомендуется микробиологическое исследование инвазивных респираторных образцов - бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ), биоптатов, полученных путем "защищенной" браш-биопсии для рутинной диагностики [1, 58].

Уровень убедительности рекомендаций C (уровень достоверности доказательств - 5)

Комментарии: Исследование инвазивных респираторных образцов не имеет каких-либо преимуществ по сравнению с неинвазивными. Оно должно быть ограничено отдельными клиническими ситуациями, например, наличием факторов риска инфицирования редкими и/или трудно выявляемыми другими методами возбудителями, неэффективностью АБТ у пациентов с тяжелым течением заболевания [74, 75].

При исследовании инвазивных респираторных образцов и выделении условно-патогенных микроорганизмов важное значение для интерпретации имеет микробная нагрузка - клинически значимыми считаются возбудители, выделенные из БАЛ в количестве >= 10⁴ КОЕ/мл, биоптата, полученного с помощью защищенных щеток - >= 10³ КОЕ/мл [58, 60].