Секвенирование участков генома норовирусов

Определение нуклеотидных последовательностей отдельных участков генома норовирусов и последующий филогенетический анализ способствуют решению конкретных эпидемиологических задач. Сравнение участков гена РНК-зависимой РНК-полимеразы и N/S-домена капсидного белка позволяет определить принадлежность норовируса к той или иной геногруппе, генотипу или геноварианту, в частности, зафиксировать появление в популяции нового эпидемического варианта. Появление нового геноварианта генотипа GII.4 в последние годы коррелировало с ростом заболеваемости норовирусным гастроэнтеритом и, вероятно, может в дальнейшем служить прогностическим признаком осложнения эпидситуации по норовирусной инфекции.

Эпидемиологическим маркером при расследовании вспышек и установлении взаимосвязей в очагах инфекции является анализ наиболее вариабельного участка генома норовирусов, кодирующего субдомен P2 основного капсидного белка. Показана 100%-я идентичность данного участка у норовирусов, выделенных в ходе одной вспышки. Анализ этого штаммоспецифичного участка является инструментом для отслеживания передачи вируса, оценки единства или множественности источников инфекции.

В настоящее время в рамках международного проекта Noronet функционирует Интернет-система, позволяющая провести генотипирование штамма на основе сравнения полученной нуклеотидной последовательности соответствующего участка с имеющимися в базе данных последовательностями типовых штаммов [http://www.rivm.nl/mpf/norovirus/ typingtool]. В случае выявления нового генотипа для определения наиболее близких нуклеотидных последовательностей может быть использован алгоритм BLAST [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/].

Для проведения молекулярно-генетических исследований материалы, положительные на норовирусы, могут быть направлены по согласованию в референс-центр по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций ФБУН "Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии" Роспотребнадзора, в референс-центр по мониторингу за энтеровирусными инфекциями ФБУН "Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной" Роспотребнадзора.